Trong tình trạng bất ổn và chính phủ hoạt động một cách không hiệu quả, cộng với vị trí địa lý ở Sừng châu Phi, đã tạo điều kiện cho hoạt động cướp biển phát triển bắt đầu từ những năm đầu 1990. Kể từ khi nhà nước sụp đổ, tàu thuyền đánh cá bất hợp pháp trong lãnh hải Somalia hoạt động một cách công khai. Hải tặc lúc đầu thường làm công việc bảo kê trên biển, trước khi những thương gia và dân quân để mắt tới. Hoạt động của hải tặc từng có thời gian tạm thời dịu đi do sự phát triển của Hiệp hội Tòa án Hồi giáo năm 2006. Tuy nhiên, nó lại trở lại sôi động sau khi Ethiopia xâm lược Somalia vào tháng 12 năm 2006.

Một số hải tặc từng là ngư dân, những người này cho rằng những con tàu nước ngoài đang đe dọa đến ngành đánh cá ở vùng biển Somalia, vốn là sinh kế của họ. Sau này, khi việc kiếm lời từ việc cướp biển và đòi tiền chuộc quá lớn và dễ dàng, nhiều nhà chức trách còn bật đèn xanh cho hoạt động cướp biển, cũng như chia trác lợi nhuận với hải tặc. Cướp biển ở Somalia là một mối đe dọa cho vận chuyển quốc tế kể từ giai đoạn hai của cuộc Nội chiến Somali trong thế kỷ 21. Từ năm 2005, nhiều tổ chức quốc tế, bao gồm Tổ chức Hàng hải quốc tế và Chương trình Lương thực Thế giới, đã bày tỏ lo ngại về sự gia tăng các hành vi cướp biển. Nghề ăn cướp đã góp phần một sự tăng chi phí chuyển hàng và cản trở việc giao hàng các chuyến hàng viện trợ lương thực. Chín mươi phần trăm lương thực thế giới của Chương trình các lô hàng đến nơi bằng đường biển.[6] Duy chỉ có một điều, trong hầu hết những vụ bắt cóc, những tên cướp đều không làm hại tù nhân, nhằm kiếm được những khoản tiền chuộc lớn hơn.[7]

Chính phủ liên bang quá độ đã từng thực hiện một số nỗ lực chống lại nạn hải tặc, thỉnh thoảng còn cho phép tàu hải quân nước ngoài vào vùng lãnh hải.[cần dẫn nguồn] Tuy nhiên, nhiều khi, có những tàu hải quân nước ngoài săn đuổi hải tặc đã buộc phải vi phạm lãnh hải khi đám hải tặc đi vào vùng lãnh hải của Somalia.[8][9] Chính phủ Puntland đã tiến hành hơn nữa các hoạt động loại trừ hải tặc, thể hiện trong những can thiệp.[10]

Tháng 6 năm 2008, theo như lá thư của Chính phủ Liên bang quá độ (TFG) gửi Chủ tịch Hội đồng, yêu cầu sự giúp đỡ từ phía cộng đồng quốc tế trong nỗ lực theo dõi các hoạt động của hải tặc cũng như những vụ cướp có vũ trang đối với tàu thuyền trong vùng biển Somalia, Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc đã nhất trí thông qua việc cho phép các quốc gia có cam kết với TFG được vào lãnh hải của Somalia thực hiện nhiệm vụ chống hải tặc.[11] Phương sách được đưa ra bởi Pháp, Hoa Kỳ và Panama sẽ được duy trì 6 tháng. Nghị quyết này rất hãn hữu vì theo luật quốc tế nó vi phạm chủ quyền quốc gia. Pháp lúc đầu muốn nghị quyết này bao gồm cả một số quốc gia khác có những vấn đề về cướp biển, như Tây Phi, những đã vấp phải sự phản đối của Trung Quốc, Việt Nam và Libya, những nước không muốn phổ biến hóa việc vi phạm chủ quyền, và nên chỉ giới hạn điều đó ở Somalia.[12]